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产品参数

注：如样本数>10，需延长项目周期

生物信息学分析内容

生物信息分析

有参转录组标准信息分析

(1)  对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量reads的处理；

(2)  测序评估：比对统计、测序随机性评估、比对上序列在染色体的分布、比对上序列在基因区域的分布、比对结果可视化；

(3)  基因表达注释：基因表达量、表达量分布、样品聚类；

(4)  基因差异表达分析；

(5)  差异基因表达模式聚类分析；

(6)  差异表达基因GO功能显著性富集分析：GO子类统计、GO富集分析、富集GO q值分布；

(7)  差异表达基因Pathway显著性富集分析：KO富集分析、富集KO q值分布、通路结果注释；

(8)  基因的可变剪接分析：可变剪接鉴定、统计、表达量分析；

(9)  预测新转录本：新转录本注释、表达量统计、差异分析；

(10)     SNP分析；

(11)     蛋白质互作网络分析。

无参转录组标准信息分析

(1)  对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量reads的处理；

(2)  数据产出统计及测序数据的碱基含量和质量评估；

(3)  组装结果分析：组装结果统计及转录本长度分布；

(4)  组装结果评估：

I    比对率分析、均一性分析；

II  组装准确性评估、组装结果注释比例评估、Reads利用率及嵌合体比例评估、核心蛋白比率评估。

(5)  预测编码蛋白框（CDS）；

(6)  Unigene功能注释；

(7)  Unigene的COG分类；

(8)  Unigene的GO分类；

(9)  Unigene代谢通路分析；

(10)     Unigene表达量分析：Unigene的表达量估计及其分布统计，实验样品的聚类；

(11)     Unigene表达差异分析；

(12)     差异表达的Unigene结果统计：数目统计、聚类分析、组间差异表达的Unigene分布统计；

(13)     差异表达的Unigene GO分类和Pathway富集性分析；

(14)     差异表达的Unigene功能注释；

(15)     SNP分析；

(16)     SSR分析与引物设计。

  数字基因表达谱标准信息分析

(1)  对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量reads的处理；

(2)  测序评估：比对统计、测序随机性评估、比对上序列在染色体的分布、比对上序列在基因区域的分布、比对结果可视化；

(3)  基因表达注释：基因表达量、表达量分布、样品实验聚类；

(4)  基因差异表达分析；

(5)  差异基因表达模式聚类分析；

(6)  差异表达基因GO功能显著性富集分析：GO子类统计、GO富集分析、富集GO q值分布；

(7)  差异表达基因Pathway显著性富集分析：KO富集分析、富集KO q值分布、通路结果注释；

(8)  蛋白质互作网络分析。

送样要求
 

1.    样品采集：样品采集条件的一致是最为重要的环节，严格按照采样标准采样，采样后立即封存样品冷冻保存。

2.    样品纯度要求：OD值应在1.8至2.0之间；电泳检测无明显非特异性杂带，PCR产物条带清晰、完整。

3.    样品浓度：纯化后PCR产物浓度不低于5ng/ul。

4.    样品总量：样品总量不低于200ng。

5.    样品信息：请仔细填写DNA样品信息表，提供DNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。请同时附上QC数据，包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。如需进行多次样品制备，需要提供多次样品制备所需样品。

6.    送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。

7.    寄送样品需要保持低温环境，最好的方法是冻干邮寄，其次是溶于TE，当然也可以溶于双蒸水。