微生物宏转录组学

Research Service
科研服务

您当前位置：首页 > 科研服务 > 微生物宏转录组学

微生物宏基因组测序是以特定环境中的整个微生物群落作为研究对象，不需对环境中微生物进行分离培养，而是通过提取环境中整个微生物群落的总DNA，利用Illumina HiSeq或者最新的MiSeq测序仪进行高通量测序，并进行生物信息学分析，来研究微生物与环境、与宿主相互之间的关系，它摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制。与传统的方法相比，二代高通量测序平台具有通量高、准确性高、速度快、信息全等特点，能够显著加快宏基因组学研究的进程，并且在鉴定低丰度的微生物群落及种类，挖掘更多基因资源方面具有非常大的优势，完全能够满足常规微生物群体的物种分类研究、群落结构、系统进化、功能注释，样品间的物种或基因差异以及物种间的代谢网络等分析。通过深度挖掘具有应用价值的基因资源，为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。
技术路线

产品参数

生物信息学分析内容

信息分析

(1)测序数据基本处理：

I去除接头序列及低质量Reads；

II去宿主污染（需提供宿主参考序列）。

(2)基因组组装：

I组装和组装结果统计；

IIContigs长度分布统计；

III组装Reads利用率统计；

IVKmer统计与GC-depth分析；

(3)物种分类及功能注释：

I选取Contig≥200bp（或者500bp）进行ORF（基因）预测；

IIORF（基因）长度分布统计；

IIIORF（基因）KEGG注释；

IVORF（基因）GO注释；

VORF（基因）eggNOG注释；

VIORF（基因）Swiss-Prot注释；

VIIORF（基因）病原与宿主互作数据库（PHI）注释

VIII每个ORF（基因）的相对丰度计算（样品数≥2）；

IX前噬菌体比对分析。

(4)样本复杂度分析（样品数≥5）：

I微生物物种分类注释；

IIAlpha多样性分析；

IIIBeta多样性分析（n≥2）；

IV主成分PCA分析（n≥5）；

V主坐标分析PCoA（n≥5）；

VI不同样品物种组成聚类分析（n≥3）。

(5)个性化分析。
样品要求

(1) 样品类型：基因组DNA；

(2) 样品需求量：≥0.5μg；

(3) 样品浓度：≥30 ng/μl；

样品要求