扩增子测序

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16S/18S/ITS等扩增子测序

扩增子测序主要通过对特定长度的PCR产物进行测序分析，针对环境样本，16S/18S/ITS等基因扩增子测序是研究环境微生物多样性及群落组成差异的重要技术手段之一。

根据不同的研究目的和需求，天益提供4种扩增子产品：16SrDNA测序、18SrDNA测序、ITS测序及功能基因区域测序。具体介绍如下：

16SrDNA测序
16SrDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列，具有10个保守区域和9个高变区域(图1，V1-V9)，其中保守区在细菌间差异不大，高变区具有属或种的特异性，对16SrDNA某个高变区进行测序，用于研究环境微生物中细菌或古菌的群落结构多样性。

8SrDNA测序
18SrDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。对18SrDNA某个高变区进行测序，用于研究环境样本中真核微生物群落结构多样性。

ITSrDNA测序

ITS分为两个区域：ITS1和ITS2，ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于真核生物rDNA序列5.8S和28S之间。对ITS1或ITS2进行测序，用于研究环境微生物中真菌群落结构多样性。
技术路线

生物信息学分析内容

1. 原始数据整理、过滤及质量评估

2. OTU生成和注释

3. 基于物种丰度分析：

稀释曲线

丰度分布曲线

Alpha多样性分析

物种丰度差异分析

4. 基于群落结构分析：

单样品物种分布饼图

多样品物种分布柱图

含进化关系的物种丰度

Beta多样性分析

5. 根据客户需求进行个性化分析
送样要求

1. 样品采集：样品采集条件的一致是最为重要的环节，严格按照采样标准采样，采样后立即封存样品冷冻保存。

2. 样品纯度要求：OD值应在1.8至2.0之间；电泳检测无明显非特异性杂带，PCR产物条带清晰、完整。

3. 样品浓度：纯化后PCR产物浓度不低于5ng/ul。

4. 样品总量：样品总量不低于200ng。

5. 样品信息：请仔细填写DNA样品信息表，提供DNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。请同时附上QC数据，包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。如需进行多次样品制备，需要提供多次样品制备所需样品。

6. 送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。

7. 寄送样品需要保持低温环境，最好的方法是冻干邮寄，其次是溶于TE，当然也可以溶于双蒸水。