动植物基因组测序

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De novo测序即对被测基因组进行从头测序及拼接、组装，从而获得全基因组单碱基精度序列图谱。相对于全基因组重测序，De novo测序能够获得参考基因组序列中没有包含的个体基因组“新序列”，能够对个体基因组进行更完整的解读，采用全基因组De novo组装及信息分析可以更好地帮助了解个体遗传特征。全基因组序列图谱完成后，可以构建该物种的基因组数据库；为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台；为后续的基因挖掘、功能验证提供DNA序列信息。
技术路线

产品参数

生物信息学分析内容

信息分析

（1）       基因组组装：

i          组装；

ii         GC-Depth分布分析；

iii       GC含量分布分析；

iv        测序深度分析；

v         常染色体区域覆盖度评估（需要客户提供BAC或者Fosmid序列）；

vi        基因区覆盖度评估（需要客户提供EST或者转录组序列）。

（2）       基因组注释：

i        repeat注释；

ii       基因预测；

iii      基因功能注释；

iv      ncRNA注释。

（3）       进化分析：

i        基因家族鉴定（动物TreeFam，植物OrthoMCL）；

ii       b）系统进化树构建；

iii      物种分歧时间估算（需要标定时间信息）；

iv      基因组共线性分析；

v       全基因组复制分析（动物WGAC；植物WGD）
送样要求

1.       样品类型： DNA

2.       样品需求量（illumina平台，单次）：

300-500bp小片段PE文库> 5µg，

3K大片段MP文库> 20µg，

5K大片段MP文库> 30µg，

8K大片段MP文库> 40µg；

3.       样品浓度：

小片段文库 >50ng/µL；

大片段文库> 100 ng/µL。

4.       样品纯度：OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解，无污染。

5.       样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。

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